L'art des jardins a préoccupé plusieurs jésuites du collège dont les pères Rapin et Delille. Cet art relevait non seulement du cadre ornemental (jardin régulier des pères ) et symbolique (fleurs mariales, royales, ou liées à la Passion) mais aussi d'une technique utile pour l'usage médicinal (voir le travail du naturaliste Pierre Belon) ou alimentaire (art du palissage et de la greffe pour améliorer la production). Dès les premières acquisitions (De re hortensi libellus à l'usage des élèves, malheureusement perdu) , le catalogue reflète cette double préoccupation que l'on retrouve tout au long de l'histoire du collège royal. Ainsi le traité des défrichements de marquis de Turbilly (ancien élève) ou le long poème latin de Delille (C2292-1 à 17) tentent de conjuguer amélioration et embellissement des jardins dans une conversation renouvelée et sereine avec la nature.